| Syfte |
Inom ramen för projektet avser vi att hel-genom-sekvensera etablerade organoidlinjer och
tumörvävnad. Med denna metod sekvenseras stora delar av tumörcellernas DNA i detalj, och
mycket små avvikelser (mutationer) kan detekteras. Då varje individ har en unik DNA-sekvens kan
det vara svårt att veta om de avvikelser som detekteras i tumörens DNA har uppstått under
cancerutvecklingen, eller om avvikelsen varit medfödd och som individen därmed burit med sig i
sitt DNA från födseln. För att kunna avgöra vad som är fallet gör vi då parallellt sekvensering av
individens normala DNA-sekvens (”germline”, vilket refererar till den ursprungliga äggcellen som
varit ursprunget till individens samtliga celler i kroppen). ”Germline”-sekvensen kan erhållas
genom att sekvensera blodceller från individen som finns lagrade i biobank, eller genom att
sekvensera en bit normal vävnad som opererats bort under operationen, men som inte innehåller
några cancerceller. Genom att jämföra den normala ”germline”-DNA-sekvensen med tumörcells-
DNA-sekvensen går det lätt att avgöra vilka avvikelser (mutationer) som uppkommit i tumören
och som då driver tumörutvecklingen. |
